Siffrorna skrevs till 0–1 i en ganska händelsefattig tillställning.
Enda målet kom från straffpunkten i slutminuterna av den första halvleken när Iago Aspas var säkerheten själv från elvameterspunkten.
Isak inbytt med kvarten kvar
Svenske Alexander Isak, som inte gjort mål i La Liga sedan 9 februari, blev inbytt i den 75:e minuten och gjorde inget större väsen av sig.
Isak spelade från start i söndags mot Real Madrid, men har liksom hela laget, haft en jobbig period sedan ligan återstartade.
Förlusten innebär att Real Sociedad, med en match mer spelad än närmast jagande lag, är kvar på sjundeplatsen i La Liga som innebär kval till Europa League.