– Vi är förkrossade och väldigt besvikna. Vi försökte med allt till den sista minuten och jag tycker att vi förtjänade att vinna men det är de små detaljerna som avgör sådana här möten, säger Arsenals tränare Mikel Arteta till BT Sport.
– Vi hade tre stora chanser och de ingenting men gick vidare, fortsätter Arteta.
Det var jobbiga slutminuter för Arsenal som behövde göra ett mål för att gå vidare.
Första finalen i Europa för Villarreal
För första gången har Villarreal nått en final i en Europacup och det var vild spansk glädje på Emirates lett av Unai Emery som tränade Arsenal från maj 2018 till november 2019 då han fick sparken. Han kan nu vinna sin fjärde Europa League-titel.
Arsenals nuvarande tränare Mikel Arteta, som sitter löst efter den här förlusten, tog för övrigt över klubben efter Emery. Emery vann den taktiska kampen mellan de spanska tränarna.
Arsenalspelarna gick med sänkta huvuden, tomma blickar och satt ner på gräset efter att de fem minuternas tilläggstid var avklarade. Pierre-Emerick Aubameyang träffade stolpen två gånger för Arsenal.
Villarreal kommer nu att möta Manchester United i finalen i Europa League i Gdansk, Polen, den 26 maj.