Spanjorerna inledde matchen svagt och efter att ha fört spelet fick tyskarna utdelning i matchminut 40.
Det kom ett hårt inlägg från högerkanten som Weiser lobbnickade över Kepa Arrizabalaga i det spanska målet.
Jagade kvittering
Andra halvlek var starkare av Spanien. Saul var nära att kvittera genom ett långskott och i den 76 minuten hade de två vassa chanser på kort tid då först Dani Ceballos och sedan Gerard Deulofeu testade Julian Pollersbeck.
Närmare än så kom spanjorerna ändå aldrig och Tyskland fick fira sitt andra U21 EM-guld.
Skyttekung i turneringen blev Spaniens mittfältare Saúl Niguez med fem fullträffar.
Fakta: Vinnare i U21-EM under 2000-talet
2017: Tyskland
2015: Sverige
2013: Spanien
2011: Spanien
2009: Tyskland
2007: Nederländerna
2006: Nederländerna
2004: Italien
2002: Tjeckien
2000: Italien