Hemmanationen satte press på danskarna från start, redan efter tre minuter nickade Schlotterbeck in ett mål på hörna för Tyskland men det dömdes bort.
En halvtimme in i första halvlek slog åskknallarna ner över arenan och regnet vräkte ner över planen. Efter 35 spelade minuter pausades matchen på grund av ovädret, först efter drygt 20 minuter återupptogs spelet.
Skräckminuter för Danmark
I början av andra halvlek fick Danmarks Joachim Andersen först ett mål bortdömt för offside efter VAR-koll och sen orsakade han en straff för Tyskland efter hands. I sin femtionde landskamp klev Kai Havertz fram och satte straffen till 1–0.
– Det är synd. Men det som gör mig mest arg är straffen. Jag tycker inte att det är rättvist och jag tycker inte det är en straff, säger Andreas Skov Olsen till SVT Sport.
2–0 kom efter 68 minuter när ett långskott av Nico Schlotterbeck hittade fram till Jamal Musiala.
Totalt dömdes tre mål i matchen bort efter VAR-beslut, två för Tyskland och ett för Danmark.
I matchen blev Tysklands Manuel Neuer historisk som den tyska spelaren som gjort flest EM-framträdanden, 19 stycken.