Amos fick besked om provresultatet när han var i Eugene, Oregon, där han var planerad att tävla i 800 m heaten den 20 juli.
Läkemedlet som finns i 28-åringens system, GW1516, ”modifierar hur kroppen metaboliserar fett”, och World Anti-Doping Agency har uppgett att det utgör en hälsorisk för idrottare, säger AIU i en release.
Amos kunde inte omedelbart nås för en kommentar, rapporterar Reuters.
Hans silver från Londonspelen var Botswanas första OS-medalj. Den afrikanska nationen lade till ett brons i 4x400m stafett vid Tokyo Games förra året.