Kibii, med nummer ett på bröstet, gick loss vid Karlaplan ett par kilometer före mål och kunde kontrollera sin ledning in mot målet på Stockholms stadion.
Han sneglade bakåt inne på stadion och kunde göra en segergest och få en krans efter 2.14.17 i sin första seger i Stockholm – 13 sekunder före Ngeno.
Ebba Tulu Chala, Keep Up RC, tog hem SM-guldet efter att ha varit sexa i mål på 2.18.43. Archibald Casteel, Spårvägen, tog in mycket på slutet och var strax efter Chala i mål som tvåa i SM på 2.18.50.
SM-vinnaren Chala bestämde sig för start i dag
– Det var jättejobbigt, varmt och blåsigt och en tuff bana. Jag siktade på att vara totalt topp tre men jag vann SM vilket känns jättebra, säger Chala till SVT Sport.
Han har haft problem med en förkylning sedan i måndags och bestämde sig först i dag för att springa.
– Det kändes bättre i dag, säger Chala.
En bit före Västerbron och 30 km av loppet gick fem kenyaner loss och det stod klart att segern skulle gå till någon löpare från det afrikanska löparlandet. Alla herrsegrare i maran sedan 2012 har kommit från Kenya eller Etiopien.
18 396 startande var nytt rekord för klassikern. 23 000 var anmälda.