Regeländringen, som IAAF presenterade i våras och skulle införas i november, hade tvingat hyperandrogena kvinnliga medeldistanslöpare att sänka sin testosteronnivå för att få tävla. Semenya, tvåfaldig olympisk mästare och trefaldig VM-guldmedaljör på 800 meter, skulle vara en av de drabbade men tillåts nu tävla som vanligt tills vidare.
Semenya kommer att höras i februari nästa år
IAAF inväntar i stället Idrottens skiljedomstol Cas beslut i ärendet, vilket väntas i mars nästa år. Cas kommer att höra Semenya och det sydafrikanska friidrottsförbundet 18-25 februari nästa år.
– Det sydafrikanska friidrottsförbundet överklagan grundar sig på den diskriminerande effekt det tänkta regelverket har på kvinnliga friidrottare som Semenya, säger förbundet i ett uttalande enligt Reuters.
Förbundet anser också att IAAF:s medicinska data bygger på felaktiga uppgifter.
Hyperandrogenism är ett tillstånd orsakat av överproduktion av androgener i njurbarken, äggstockarna eller testiklarna.