Löparna sprang 20 varv på en bana i St James's Park, som var biologiskt säkrad utan publik. Loppet skulle ursprungligen ha avgjorts i april. När det återstod ett par varv fick kenyanen släppa kontakten med tätklungan på sju löpare.
– Efter 25 km flick jag lock i höger öra och det släppte inte. Sedan fick jag kramp och problem med en höft. Men det är så det är i idrott och jag får acceptera förlusten och fokusera på att vinna nästa gång, skriver den fyrfaldige vinnaren i London, Kipchoge, på Twitter.
Mo Farah var en av hararna i loppet och han trodde knappt sina ögon när Kipchoge tappade fart och sprang i mål på 2.06.49.
Farah chockad över Kipchoges förlust
– Det var en chock att se Kipchoge få problem. Vi trodde att han skulle vinna med flera kilometer och bespetsa oss på vilken tid han skulle få men det är sånt som händer inom idrotten. Det förekommer överraskningar, säger Farah enligt BBC.
Etiopiern Shura Kitata vann loppet på 2.05.41 efter att ha spurtbesegrat kenyanen Vincent Kipchumba i regnet.
Segraren Kitata fick råd av en av förhandsfavoriterna Kenenisa Bekele som tvingades hoppa av efter en vadskada i fredags.
– Han gav mig bra tips på hur jag skulle springa. Jag är så glad över att ha vunnit loppet, säger Kitata.
Världsrekordhållaren vann damklassen
Världsrekordhållaren, kenyanskan Brigid Kosgei, vann damloppet, som genomfördes tidigare under söndagsmorgonen.
Kosgei sprang i mål på 2.18.58, drygt tre minuter före tvåan Sara Hall.
– Vädret var inte så bra, så vi fick kämpa. Men det var underbart att få tävla, säger Kosgei till BBC.
KLIPP: Här spräcker Kipchoge drömgränsen (12 oktober 2019)
Fakta Eliud Kipchoge, 35:
Personrekord/världsrekord: 2.01.39, Berlin 2018
Den ende som sprungit under två timmar. Förra året i Wien sprang han på 1.59.40 men var ensam med 40 harar i loppet och en följebil inställd på en tid under två timmar. Loppet var för tillrättalagt för att kunna gälla som officiellt rekord.