Fram till känningen eller skadan i baksidan av låret ledde Gatlin loppet, som vanns av den amerikanske landsmannen Michael Rodgers på 10,04. Efteråt fick Gatlin hjälp av sina lagkamrater och leddes i väg.
37-årige Gatlin är fyra på årets världsbästalista med 9,87. I och med att han är regerande mästare har han en friplats till VM i Doha som inleds 27 september.
Två svenskar var på plats i Zagreb. Andreas Kramer blev åtta på 800 meter på tiden 1.46,90. Bosniern Amel Tuka vann på 1.44,78.
Bahta orkade inte på 1500 meter
Meraf Bahta gjorde sitt andra lopp efter avstängningen som gick ut i lördags. Hon följde upp SM-vinsten på 5000 m i söndags i Karlstad i vanliga löparskor med att bli tolva och sist på 1500 m på 4.29,55. Det var ett för tufft schema för Hällelöparen.
Men än är det för tidigt att räkna bort svenskan från världsmästerskapet i Doha.
– Det kommer att vara ett lopp till för våra medel- och långdistanslöpare innan VM, i Spanien på fredag, säger förbundskaptenen Karin Torneklint till TT. Hon vet dock inte om Bahta kommer till start i Spanien. Kvaltiden ligger på 4.06,50.
Sista datum att kvala in till Doha är just på fredag.