– Det var en utmaning. Konkurrenterna stack iväg från början och jag försökte bara att hänga med. Det är på 400 meter jag hör hemma och jag visade att jag fortfarande kan hävda mig, säger van Niekerk till World Athletics.
Holländaren Jochem Dobber var strax bakom van Niekerk med 45,78 och polacken Karol Zalewski trea på 46,03.
Covid-sjuk med lång isolering
van Niekerk testade positivt för covid-19 i början av augusti och gick i karantän i 25 dagar. Han gick en kamp mot klockan för att kunna börja tävla den här säsongen.
– Jag fick verkligen börja om från noll, säger van Niekerk.
Senaste gången han tävlade utanför Sydafrika var vid VM-finalen i London 2017. Sedan tog en allvarlig knäskada efter en uppsningsmatch i rugby över tillvaron och nästan raderade ut säsongerna 2018 och 2019.
Det var i OS-finalen i Rio de Janeiro 2016 som van Niekerk satte världsrekord med att vinna på 43,03 från bana åtta.
I stavhoppet vann Michaela Meijer på 4,70 och försökte sedan på svenska rekordhöjden 4,85 utan att lyckas.
SE OCKSÅ: Superhopp av Sagnia – krossade sitt personbästa