Efter andra rundan låg Åberg på plats 50 men klättrade 40 placeringar i tredje som han gick på 69 slag.
Ludvig Åberg gick sista rundan på 70 slag, två under par, och slutade på totalt 279 slag.
Vinnare på Torrey Pines blev fransmannen Matthieu Pavon med totalt 275, före danske Nikolaj Højgaard med 276 slag.
Den andre svensken, Vincent Norrman, som bara låg ett slag efter Åberg efter tredje rundan tappade 37 placeringar under fjärde rundan slutade på en delad 56:e plats.