Emil Julkonen var den som satte det avgörande målet, drygt sju minuter in i förlängningen.
Men matchens lirare var Pixbos Daniel Calebsson med sina tre mål, men trots den insatsen kunde inte Pixbo rå på tabellsjuan Helsingborg.
Seger även för Linköping
Warberg tog sig till slutspel via en poäng i den allra sista omgången av Superligan. Men kvartsfinalserien inledde de med förlust, 4-5 mot Linköping.
Nästa match de två lagen emellan spelas den 14:e mars, och samma dag får Pixbo möjlighet till revansch mot Helsingborg.