Inför mötet ledde Colorado med 3–2 i matcher och det såg inledningsvis ut som att St Louis skulle lyckas med att få till en sjunde match i kvartsfinalserien.
1–0 till hemmalaget efter första perioden blev till 2–1 efter andra.
Men i tredje lade gästerna in en extra växel och efter kvittering plus det där avgörande målet i slutsekunderna fick så St Louis tacka för sig i årets Stanley Cup.
– Det är ett surt sätt att avsluta på. Men det är så det är. Våra killar kämpade hårt, säger St Louis-tränaren Craig Berube efter förlusten.
Colorado möter Edmonton i semifinalserien.
– De har spelat bra hockey, det är ett bra lag. Det blir en ny utmaning för oss och vi ser fram emot det, säger Colorados Josh Manson om det kommande motståndet.
KLIPP: Tampa tog andra raka – efter mål i slutsekunderna (20 maj)
NHL
St. Louis Blues
2 - 3
Colorado Avalanche
Period 1
- 1-0
Faulk (Thomas/Mikkola)19:00
Period 2
- 05:191-1Compher (Manson/Burakovsky)
- 2-1Kyrou (Schenn)09:34
Period 3
- 10:182-2Compher (Byram/Toews) PP1
- 19:542-3Helm (O'Connor/Erik Johnson)
Kvartsfinaler Stanley Cup
Carolina–NY Rangers: 3–2 i matcher. Nästa match spelas natten mot söndag.
Klara för semifinal:
Colorado (4–2 mot St Louis).
Tampa Bay (4–0 mot Florida).
Edmonton (4–1 mot Calgary).
Slutspelet spelas i bäst av sju matcher.