Det var i matchen mot Winnipeg under fredagen som Karlsson bröt tummen, och behöver nu opereras. Det gör att han nu missar resten av säsongen.
Klubben skriver på sin hemsida att han kommer vara tillbaka i god tid innan deras träningsläger inför säsongen i september.
Skadan kommer bara en dryg vecka efter att han öppnat för VM-spel med Tre kronor i vår.
Erik Karlsson har under säsongen spelat 56 matcher och stått för 40 poäng i ett San Jose som har haft stora problem att leva upp till förväntningarna, och ligger långt från en slutspelsplats. De 40 poängen gör att Karlsson är lagets poängbästa spelare. San Jose har dessutom redan nyckelspelaren Tomas Hertl borta med en skada som gör att tjecken även han kommer missa resten av säsongen.