Malmö förlorade med 2-1 i München för en vecka sedan.
I dagens målfest på hemmaplan fick laget ge sig efter ett förlängningsdrama.
Fyra minuter in på övertiden stänkte kanadensaren Trevor Parkes in avgörandet, hans tredje för kvällen.
Redhawks var illa ute i den tredje perioden och tog matchen till förlängning efter ett drömmål av Frederik Storm, som fintade bort hela det tyska försvaret innan han satte 5-4-målet, totalt 6-6.
Malmöförlusten innebär att bara ett svenskt lag kommer spela semifinal i CHL. Efter Malmös och Skellefteås uttåg står nu hoppet till Frölunda.
Frölunda möter HC Pilsen i sin semifinal, München möter Salzburg.