Mikey Anderson och Evan Barratt gjorde varsitt mål inom loppet av 4.32 och såg till att USA, guldlag 2017, vände och vann.
USA vann skotten med 34–14, men Slovakiens målvakt Samuel Hlavaj storspelade och såg till att matchen blev siffermässigt jämn.
Marek Korencik gjorde 1–0-målet för Slovakien, som ställs mot Sverige natten till fredag.
I grupp A vann Tjeckien över Schweiz med 2–1 efter förlängning sedan David Kvasnicka avgjort efter 52 sekunders spel.
JVM (Juniors)
USA
2 - 1
Slovakien
Andra perioden
- 17:170-1Korencík (Liška)
Tredje perioden
- 1-1Anderson (Hughes) PP101:10
- 2-1Barratt (Madden/Samberg)05:42