Andersson var 2,02 sekunder från att nå 30:e plats som hade gett en kvartsfinalplats och bonuspoäng i totalen efter premiären av etapptävlingen som har målgång 7 januari.
Efteråt gick hon snabbt förbi mixedzone utan att ge några kommentarer.
– Måste jag stanna? Jag vill inte, sa hon rejält besviken till SVT Sport, och rusade förbi mixedzone utan att ge några kommentarer.
Efter en stund meddelade skidförbundet ett uttalande från Andersson: ”Jag gjorde mitt bästa utifrån dagens förutsättningar och laddar om för i morgon”.
– Det är klart att hon är besviken, det var viktigt för totalen att få med sig de där sekunderna. Det var lite stolpe ut i dag men det är en lång tour och det är en ny dag i morgon, säger landslagsledaren Stefan Thomson.
Gav klartecken först i onsdags
Andersson, ledare av distanscupen och Sveriges största hopp i tävlingen, åkte på covid runt jul och det var länge osäkert om hon skulle komma till start. Det var först i onsdags som hon gav klartecken.
Jonna Sundling gjorde comeback efter att ha fått covid efter världscuppremiären i Ruka i slutet av november. Hon var tillbaka på samma höga nivå som tidigare och vann fristilskvalet med nästan tre sekunder före Jessie Diggins. Sundling var 13,79 före Andersson.
Linn Svahn var trea. Även regerande Tour de Ski-mästaren Frida Karlsson, Emma Ribom, Moa Ilar, Maja Dahlqvist och Johanna Hagström gick till kvartsfinal.