Efter gårdagens fina femteplats i sprinten gick Frida Karlsson ut 19 sekunder bakom gårdagens vinnare Nadina Fähndrich i dagens 10 km klassisk stil.
Inför det fjärde och sista varvet var det Karlsson, Tiril Udnes Weng, Lotta Udnes Weng, Anne Kjersti Kalvå och Kerttu Niskanen som gjorde upp om pallplatserna.
Karlsson var länge i tät, men till slut blev hon nedspurtad av Tiril Udnes Weng, som vann, och finskan Kerttu Niskanen.
Norskan Weng, som är en av utmanarna om totalsegern av Tour de Ski, tog därmed sin första världscupseger någonsin.
– Jag tänkte att jag inte skulle följa med Frida om det skulle gå för fort, för det blir tufft med höjden om man blir trött här, säger norskan i Viaplays sändning.
”Jättenöjd med starten på touren”
Frida Karlsson var, trots tredjeplats, nöjd efter loppet.
– Det är bra. Jag hade egentligen som taktik att inte slösa med energi och bara ligga i rygg de första varven. Men sen fick jag höra att det kom folk bakifrån, och jag tänkte att det var dumt att släppa in dem alltför enkelt så jag gick ändå upp och höll ett bra tempo säger hon till SVT Sport.
– Jag är jättenöjd med starten på touren, jag är helt med i topp och är förväntansfull inför kommande dagarna.
Hur har du hanterat höjden som är här i Val Müstair?
– Det är lite läskigt. Och jag har ju bott lågt, till skillnad från många andra här under julen. Det är lite läskigt och kan slå åt båda hållen.
Maja Dahlqvist, som gick ut som tvåa, slutade på 20:e plats 1 minut och 35 sekunder efter.
Långloppsåkaren Ida Dahl stod för en fin isats och körde upp sig från 28:e till 14:e plats.