Linn Svahn hade fjärde tid i den blott 700 meter långa men oerhört krävande uppförslöpan, 5,24 sekunder efter Johaug.
Även Jonna Sundling, Ebba Andersson och Charlotte Kalla tog sig vidare från kvalet.
Åkarna såg helt utpumpade ut vid målgång.
Två svenska herråkare tog sig vidare från kvalet – Viktor Thorn som hade 19:e tid, och Martin Bergström som hade 29:e tid.
Norrmannen Johannes Høsflot Klæbo var allra snabbast, hela 2,58 sekunder före tvåan Pål Golberg, och detta trots att han kör med ett brutet finger.
Klæbo skadade sig när han slog på en boxningsmaskin i en bowlinghall häromveckan.
Norrmannen Golberg leder Ski Tour efter två etapper före Alexander Boljusnov. Ryssen hade 23:e tid i kvalet.
ARKIV: Masskrasch i Ski Tour i Östersund (16 februari 2020)