Redan efter fallincidenten med Jessie Diggins, då Karlsson straffades med tre minuters tillägg på hela touren och diskades på sprinten, förklarade Karlsson att hon ville åka hem.
– I mitt huvud sitter jag redan på planet, sade hon då till SVT Sport.
Frida Karlsson packar nu sina väskor och åker hem från Tour de Ski.
Efter överläggning med sin tränare har hon nu bestämt sig för att bryta touren.
– Jag känner att nu med tre minuters strafftid så har jag ingenting med totalen att göra. Jag ser mer fördelar med att åka hem och förbereda mig för OS, säger Frida Karlsson i ett pressmeddelande från Svenska skidförbundet.
Landslagledningen ville att hon skulle fortsätta
Landslagsledningen hade velat se Karlsson tävla vidare men stöttar henne i beslutet att bryta.
– Det är klart att motivationen för att fortsätta touren sätts på sin spets för Frida i detta läge och att ladda om efter dagens händelse är en utmaning. Vi ville gärna se Frida tävla vidare men som situationen är gör hon bäst i att åka hem och ladda om inför OS, säger landslagschefen Anders Byström.
Karlsson låg 44:a – 4.30 efter ledande ryskan Natalija Neprjajeva som vann dagens sprint.
Även förra året bröt Karlsson touren efter att ha ramlat ner i golvet när hon gjorde styrkeövningar från en dörrkarm på hotellrummet.
Även tre norska sprintåkare hoppar av touren och reser hem. Det handlar om Ane Appelkvist Stenseth, Lotta Weng och Mathilde Skjärdalen Myhrvold.