Johaug och Andersson stakade i en zon där det inte är tillåtet och fick för det gult kort.
– Jag förtjänar det gula kortet, jag gjorde fel, säger Johaug under en pressträff.
Men hon är inte nöjd med hur det internationella förbundet (Fis) skötte zonerna.
Hör hennes känga till Fis i spelren ovan.
Johaug och Andersson slutade sexa respektive sjua i loppet, placeringar som de även har i totalen.
Amerikanskan Jessie Diggins har skaffat sig ett ordentligt försprång genom seger i de två första etapperna, hon leder med 38 sekunder, före finska Kerttu Niskanen.
Tour de Ski (efter två etapper)
1. Jessie Diggins, USA
2. Kerttu Niskanen, Finland, +0,38 minuter
3. Astrid Öyre Slind, Norge, +1,09
4. Heidi Weng, Norge, +1,09
5. Silje Theodorsen, Norge, +1,12
6. Therese Johaug, Norge, +1,14
7. Ebba Andersson, Sverige, 1,20
8. Jasmi Joensuu, Finland, +1,33
9. Linn Svahn, Sverige, +1,34
10. Teresa Stadlober, Österrike, +1,40