Lindgren vurpade olyckligt i nionde heatet när han körde i ett hjulspår och tappade kontrollen på cykeln. Svensken reste sig men trots stark avslutning i grundtävlingen räckte inte åtta poäng för avancemang.
Lindgren har nu hela 14 poäng upp till bronsplatsen och gårdagens vinnare, britten Dan Bewley som tog sin andra raka GP-seger.
Dubble världsmästaren Bartosz Zmarzlik, Polen, leder klart före dansken Leon Madsen.
Tre deltävlingar återstår. Nästa anhalt är Vojens, Danmark 10 september.