Isak fick bollen av norrmannen Martin Ödegaard strax innanför straffområdesgränsen, vände om och sköt in bollen vid den bortre stolpen till 1-0.
Bara tre minuter senare kvitterade Marc Cardona för den gästande La Liga-konkurrenten Osasuna.
I andra halvlek satte Ödegaard 2-1 på frispark och strax därefter var Isak framme vid den främre stolpen och nickade in 3-1.
Det blev också slutresultatet och därmed är den baskiska klubben klar för kvartsfinal i cupen.
Alexander Isak satte 2-0 mot Espanyol i förra rundan av cupen och sedan dess har han också hunnit med att sätta 1-0 då Real Sociedad slog Mallorca med 3-0 i spanska ligan.
På sistone har den svenske supertalangen fått förtroende från start i stället för Willian José och då har han också levererat. I och med dagens fullträffar är han lagets bäste målskytt den här säsongen med tio mål.
Den här säsongen har Isak startat åtta matcher och blivit inbytt i sjutton.
KLIPP: Isak målskytt i cupmötet (23 januari 2020)