I den 60:e minuten hamnade bollen hos Isak vid straffområdesgränsen innan han dunkade in den bakom Mickey van der Hart i Zwollemålet.
Senare fick han också möjligheten från straffpunkten, men då räddade van der Hart.
19-årige Isak, som är utlånad från tyska Borussia Dortmund, har nu gjort elva mål på de sju senaste ligamatcherna. Han är också den första utlänningen i historien att göra tolv mål på sina tolv första matcher i nederländska ligan. Därmed har han startat bättre än vad stortheter som Romario, Ronaldo, Luis Suarez och Zlatan Ibrahimovic gjorde.
Efter det senaste målet sjöng publiken på Koning Willem II Stadion den unge svenskens namn i flera minuter.
– Jag antar att jag börjar bli populär här. Vi får se vad som händer, det är svårt att säga om jag kommer stanna. Jag är här för att spela fotboll, sen får vi se vad som händer, säger Isak till Fox Sports.