– Vi var tvungna att göra något, säger ordföranden Karl-Heinz Rummenigge som hade ett längre samtal med Kovac under dagen.
Parterna skils åt efter ömsesidig överenskommelse.
Förlusten var den tyska storklubbens största i Bundesliga på tio år. Laget är fyra i tabellen, fyra poäng efter Oscar Wendts Borussia Mönchengladbach som toppar tabellen. På tio ligamatcher har Bayern München vunnit fem, förlorat två och spelat tre oavgjorda.
Niko Kovac tränade laget i drygt en säsong och vann i fjol både ligan och cupen med Bayern München.