Svensken spelade från start, men blev utbytt i den 60:e minuten. Då stod det redan 2-0 till hemmalaget.
Knappt tio minuter efter att Ekdal lämnat plan kunde Thomas Müller utöka Bayerns ledning, när han inom loppet av fyra minuter gjorde två mål.
Målfesten fortsatte ända fram till den 87:e minuten då Douglas Costa kunde punktera matchen.
– Bayern har otroligt många duktiga spelare. Alonso, Müller, Robben och Ribery för att nämna några, sa Albin Ekdal till SVT Sport om det tuffa motståndet före matchen.