Mittbacken Jarell Quansah firade kvitteringen i den sjunde tilläggsminuten av sju.
Men det skulle visa sig vara förgäves då VAR gjorde domaren uppmärksam på ett regelbrott.
– Jag har sett videon och för mig är det där inte hands. Men vem är jag att bestämma det? De kanske hade andra bilder än de jag har sett, säger Liverpools tränare Jurgen Klopp på en presskonferens efter matchen.
Liverpool toppar fortsatt grupp E trots missräkningen under torsdagskvällen mot Toulouse.
Se situationen i videoklippet i toppen av artikeln.
UEFA Europa League
Toulouse FC
3 - 2
Liverpool
Första halvlek
- Schmidt11'
- 34'Endo
- 1 - 0Dønnum36'
Halvtid
- 46'M. SalahDoak
- 46'Alexander-ArnoldEndo
- 46'SzoboszlaiTsimikas
Andra halvlek
- 2 - 0Dallinga (Sierro)58'
- MagriSchmidt70'
- 73'NúñezGakpo
- 73'2 - 1Cásseres Jr
- 3 - 1Magri76'
- KamanziDønnum81'
- 81'Diogo JotaDíaz
- GelabertDallinga88'
- 89'3 - 2Diogo Jota (Mac Allister)
- 90'+4'Núñez
- Kamanzi90'+4'
- Restes90'+6'
- Nicolaisen90'+7'