Efter en mållös första halvlek hann det bara gå två minuter av andra innan Emil Forsberg spräckte nollan.
Forsberg tog emot en retur från Frankfurtmålvakten Kevin Trapp som han skickade in rätt upp i krysset till 1-0.
Det är första målet för svensken, som varit skadad en längre tid, sedan 20 januari i år. Han sjätte hittills i ligan denna säsong. Forsberg missade sex matcher i början av året men var tillbaka i spel 21 februari.
I den 61:a minuten kvitterade Frankfurt genom Daichi Kamada och 1-1 stod sig matchen ut.
Forsberg byttes ut i 86:e minuten. Leipzig jagar Bayern München som toppar Bundesligatabellen på 58 poäng. Leipzig ligger tvåajust nu på 54 poäng.