Segermålet kom redan efter 79 sekunder efter att Baghadad Bounedjah drivit bollen inåt mitten av planen och avlossade ett skott som en täckande Sengalback förvandlade till en perfekt hög båge över den egna målvakten Alfred Gomis.
Gomis stod som fastfrusen och följde bollen med blicken innan den gick i mål.
Senegal fick en sista chans på en frispark strax utanför straffområdet. Men ett pet i sidled gjorde att möjligheten försvann. De algeriska spelarna jublade med flaggor inför de många fansen medan flera Senegalspelare grät öppet.
Fifa-chefen Gianni Infantino delade ut bucklan och medaljerna i en utdragen prisutdelning.
Senegals straff upphävd efter VAR
I andra halvlek skapade Senegal flera fina möjligheter att kvittera.
Efter en timmes pekade domaren på straffpunkten efter att Algerietspelaren Adlene Guedioura träffats av bollen på armen, som hölls nära kroppen. Efter VAR-granskning ändrade domaren beslutet. Det blev ingen straff för Senegal.
Ett par minuter senare blev Sengals M'Baye Niang frispelad på vänsterkanten och rundade målvakten Rais M'Bolhi men hamnade i för snäv vinkel och avslutade utanför.
Strax därpå var det nära för Senegal igen när Youssouf Sabaly avlossade stora kanonen men M'Bolhi tippade bollen med stor möda över ribban.
I gruppspelet vann Algeriet med samma siffror, 1-0. Det var Algeriets andra vinst i turneringen. Första gången var för 29 år sedan.
Total Africa Cup of Nations
Senegal
0 - 1
Algeriet
Första halvlek
- 2'0 - 1Bounedjah
- 33'Bensebaini
Andra halvlek
- 54'Belaili
- DiattaP. N'Diaye59'
- DiagneSaivet75'
- Gueye79'
- Gassama80'
- 84'BrahimiBelaili
- 85'Jean-TahratFeghouli
- BaldéNiang85'
- 89'SlimaniBounedjah
- 90'+2'Mandi
- 90'+4'Guédioura