Komorerna, som bara har 870 000 invånare, får nu vänta till på torsdag för att få veta om man är ett av de bästa treorna i gruppspelet som tar en plats bland de 16 lag som går vidare.
– Vi fortsatte pressa på, även efter att Ghana kvitterat. Vi trodde verkligen att vi kunde ta en stor seger för vårt land, säger förbundskaptenen Amir Abdou.
– Jag skickade upp spelare i anfallet i tron om att kunna göra ett tredje mål och mitt beslut betalade sig.
Ghana har vunnit Afrikanska mästerskapet fyra gånger.
TotalEnergies Africa Cup of Nations
Ghana
2 - 3
Comoros
Första halvlek
- 4'0 - 1Ben
- 14'Selemani
- A. Ayew25'
- 26'AhamadaBen Boina
Halvtid
- AddoRahman46'
Andra halvlek
- BoakyeFatawu Issahaku60'
- PaintsilSulemana60'
- 60'MattoirDjoudja
- 62'0 - 2Mogni
- 1 - 2Boakye64'
- 2 - 2Djiku77'
- Yiadom78'
- OwusuYiadom81'
- 85'2 - 3Mogni
- 90'AbdouBachirou
- 90'AbdullahYoussouf
- 90'YoussoufMogni