Kosovare Asllani inledde målskyttet på straff i den 27:e minuten och blev strax efter halvtidsvilan tvåmålskytt. Även landslagsspelaren Lina Hurtig stod för två mål i storsegern.
Kalmar inkasserade sin 17:e förlust på 18 matcher och har släppt in hela 68 mål.
Linköping befäster sin femteplats, en poäng bakom Kristianstad.