Anfallaren klev i söndagens möte med Andorra på grund av en knäskada och blir borta i fem till tio dagar. 32-åringen lämnar landslaget och åker tillbaka till sitt klubblag Bayern München för rehabilitering.
Lewandowski gjorde två av målen i Polens 3–0-seger mot Andorra i grupp I. De spelade oavgjort mot Ungern i första matchen, och har fyra poäng – två poäng färre än England som har full pott.
Robert Lewandowski, som gjort 66 mål på 118 landskamper för Polen, utsågs till världens bästa fotbollsspelare 2020 av Internationella fotbollsförbundet (Fifa).