Den australiska målskytten, som är i delad skytteligaledning i Champions League den här säsongen, har dragit på sig en korsbandsskada.
”Håll huvudet högt, vi är med dig”, hälsar Chelsea på sociala medier.
Kerr drog på sig skadan på ett träningsläger i Marocko och kommer att bli borta en lång tid.
Normalt sett är en elitidrottare borta minst sex månader efter en sådan skada. Därmed ser hon ut att missa OS i Frankrike i sommar med sitt Australien som pågår mellan 24 juli och 10 augusti.
Kerr har gjort 99 mål på 128 matcher för Chelsea.
Se Sam Kerrs senaste mål för Chelsea i matchen mot Häcken.