Det var strax efter paus som Ridie Baku snyggt hittade Lukas Nmecha med en passning in mot målet. Nmecha, som är på lån i belgiska Anderlecht från Manchester City, rundande målvakten Diogo Costa och satte in bollen.
I och med målet tog Nmecha även hem skytteligan i mästerskapet. Han stannade på fyra fullträffar.
Det är tredje gången som Tyskland tar guld i U21-EM. Senast var 2017 i Polen och innan dess i Sverige 2009.
– Det var inte det jag hade tippat, men som så många gånger förr står Tyskland där som slutsegrare, säger Johannesson.
Portugal har förlorat finaler tidigare och senast var det på straffar mot Sverige 2015.