Halil Umut Meler sänktes av slaget och blev sedan liggande på marken där han även fick ta emot sparkar.
Enligt turkiska medier fördes domare Meler till sjukhus för att få vård.
– Denna vidriga attack var inte bara en attack mot Halil Umut Meler. Den här omänskliga och föraktliga attacken utfördes mot alla inom turkisk fotboll, sade det turkiska fotbollsförbundet i ett uttalande efter attacken.
Alla fotbollsligor i Turkiet pausas
Efter matchen meddelade det turkiska fotbollsförbundet att alla kommande matcher skjuts upp. Under onsdagen meddelade förbundet att ligan återupptas 19 december.
Skandalscenerna har fördömts av landets president Recep Tayyip Erdogan.
– Sport ska vara fred och brödraskap. Sport är inte kompatibelt med våld. Vi kommer aldrig tillåta våld inom sport i Turkiet, skriver Erdogan på X.
Presidenten har avgått
Under tisdagen greps lagets president Faruk Koca, som nu också avgår och ber om ursäkt efter händelsen.
– Från början tänkte jag bara spotta honom i ansiktet. Faktum är att jag inte delade ut något slag, det var mer som en örfil, säger Koca till Beyaz TV.
Domaren Halil Umut Meler har i efterhand också vittnat om att presidenten ska ha riktat dödshot mot honom.
”Koca sa till mig och mina kollegor: 'Jag ska göra slut på er'. Till mig sa han: 'Jag ska döda dig'.”
Se skandalscenerna i videoklippet i toppen av artikeln.