Sverige inledde imponerande och efter 25 minuter fick man utdelning då Yasin Ayari slog till med ett drömmål på volley.
Kort därefter räddades ett avslut från Viktor Gyökeres, som för övrigt hade flera chanser, och Ken Sema satte in returen.
Både Ayari och Sema gjorde sina första mål för a-landslaget.
Strax innan paus reducerade Slovakien och den får målvakten Viktor Johansson ta på sig då hans passning gick rakt till en slovak och i situationen som följde gjorde David Strelec 2-1.
– Den träffar fel på foten. Sen försöker vi få bort den, men det gick inte. Sånt är livet ibland, säger Johansson.
Hugo Larsson inbytt
En bit in i andra halvlek hoppade den så omdiskuterade Hugo Larsson och den ordinarie lagkaptenen Victor Nilsson Lindelöf in för Ayari respektive Alex Douglas.
I den 72:a minuten satte sedan Strelec sitt andra för kvällen då Lukas Haraslin hittade honom framför mål.
– Det är en olycklig situation. Det kommer ett inspel och han kan stöta in den. Det känns ganska enkelt, säger Victor Nilsson Lindelöf som är besviken efter poängtappet:
– Det är klart det är tufft att tappa en 2–0-ledning. Det är surt.
Kulusevski: ”Steg i rätt riktning”
Dejan Kulusevski menar att Sverige trots allt är på rätt väg.
– Det var ett steg i rätt riktning men det finns några lärdomar att dra, säger han.
Vilka lärdomar tänker du på då?
– Vi kanske inte kan spela på samma sätt i 90 minuter. Ibland måste vi vara lite smartare om vi vill vinna fotbollsmatcher.
Sverige har nu två segrar och ett kryss på sina tre inledande matcher i Nations Leagues C-division. Nästa match är Estland borta på måndag.