Zakia Khudadadi kommer att tävla i damernas taekwondo den 2 september och Hossain Rasouli i friidrott, 400 meter, dagen efter.
Beskedet kommer överraskande då IPC tidigare i veckan meddelat att de två evakuerats i en ”stor, global insats” från det talibanstyrda Afghanistan, men att de inte skulle delta i Paralympics.
– Zakia och Hossain har hela tiden fortsatt uttala sin absoluta vilja att komma till Tokyo 2020 och tävla, säger Andrew Parsons, ordförande i den Internationella paralympiska kommittén, i ett uttalande.
De två kom till den paralympiska OS-byn på lördagskvällen efter att ha varit på en statlig träningsanläggning i Frankrike den senaste veckan.
När Paralympics invigdes i tisdags fanns den afghanska flaggan med i inmarschen, buren av en volontär, men de allra flesta såg det som en symbolisk sak.
– Vi visste att det fanns en liten chans att de båda idrottarna skulle kunna delta i Tokyo 2020 och därför fanns den afghanska flaggan med på inmarschen. Men vår första prioritet har hela tiden varit deras hälsa och välbefinnande, säger Parsons.