”Det var en dröm för Afghanistans paralympiska kommitté att delta i Tokyo 2020, men med dessa olyckliga omständigheter är det nästintill omöjligt”, säger landets uppdragschef Arian Sadiqi på Twitter.
Afghanistan skulle skicka två taekwondo-utövare, och för första gången en kvinnlig deltagare, till Paralympics.
Talibanerna i Afghanistan har i rask takt tagit över stad efter stad i augusti, då västerländska länder har dragit tillbaka sin militära närvaro i landet. I söndags tog talibanerna över presidentpalatset i Kabul och presidenten Ashraf Ghani har flytt landet.
Kabuls flygplats är stängd för kommersiella flyg, men tusentals försöker fly från landet och flera människor har mist livet i kaoset.
Paralympics inleds den 24 augusti.