Landet, som till största del består av muslimer, tycker att Israel behandlar palestinier illa och kritiseras i sin tur för antisemitism från israeliskt håll.
– När ett värdland exkluderar idrottare från en specifik nation av politiska skäl har vi absolut inget annat alternativ än att titta efter en ny värd för mästerskapet, säger IPC:s ordförande Andrew Parsons enligt BBC.
Sedan Malaysia valdes till arrangör 2017 har landet fått nya politiska ledare.
– Vi skulle förlora vår moraliska kompass om värdskapet av ett internationellt sportevenemang var viktigare än att skydda våra palestinska bröder och systrar, säger idrottsministern Syed Saddiq till BBC.
IPC jobbar nu med att hitta ett nytt värdland för mästerskapet som är planerat att starta den 29 juli och fungerar som kval till Paralympics i Tokyo 2020.