Svenskan, som har ett lindrigt intellektuellt funktionshinder, simmade in på 1.21,56, vilket var 0,19 över tiden i semifinalen.
Dominerade gjorde världsrekordhållaren, spanjorskan Michelle Alonso Morales, som simmade in på 1.12,02 och förbättrade sitt eget rekord.
Pernilla Lindberg, född 1994, gör sitt tredje Paralympics och tog fyra medaljer vid EM i Portugal tidigare i år. I fredags kom hon femma i finalen på 200 meter fritt.