25-åringen var storfavorit i Linköping och simmade in på tiden 56,98 – en halv sekund från tiden i VM-finalen.
Det var nionde gången i karriären som hon simmade under 57 sekunder.
– Det är skönt att min lägstanivå är så pass hög. Det var bara förra året som jag simmade under 57 för första gången.
I tårar på VM
Hansson var i tårar efter medaljmissen på VM i Budapest den 19 juni.
På söndagen fick hon avsluta sitt deltagande på SM-veckan på bästa sätt – med siktet fast inställt på EM i Rom i augusti.
– Målet var medalj på VM så det är bara att gå för samma mål på EM. Jag vet att tiderna finns i kroppen och det ska bara bli kul att få köra ett mästerskap till i sommar.
Edith Jernstedt blev tvåa på 59,76 och Emmy Hällkvist trea på 1.00,90.
Det svenska rekordet är 55,48.
Het duell på 200 fritt
På herrsidan blev Robin Hanson svensk mästare på 200 meter fritt på nya mästerskapsrekordet 1.48,07. Victor Johansson blev tvåa på 1.48,74.
– Riktigt fin simning av båda grabbarna, säger SVT:s expert Lars Frölander.
Oskar Hoff tog SM-guld på 100 meter fjäril där han satte personbästa med 53,24. Det svenska rekordet är 52 sekunder blankt.