Nilsson var drygt en och en halv minut efter norskan Emilie Ågheim Kalkenberg och ryskan Anastasia Jegorova, som delade segern efter att ha åkt på 20.12,6 över 7,5 km.
Trots de blygsamma placeringarna tycker Helena Ekholm att Nilsson ska få chansen att köra i världscupen i Östersund, Nilssons hemstad, nästa vecka.
– Jag tycker att det är hennes tur. De flesta andra har fått prova på världscupen, säger SVT Sports expert.
Mönstret känns igen
Mönstret var detsamma som det varit de senaste veckorna: snabb åktid, men sämre skytte. Hon var tredje snabbast i spåret.
Nilsson säger att hon tar med sig åkningen, men att det var för många bom för att hon ska känna sig nöjd.
– Min bedömning är att det inte var vinden, det var nog bara dåliga skott, säger hon.
Ny sprint redan på lördag
Redan på lördagen är det chans för revansch när det är dags för ytterligare en sprint.
– Det är så himla kul, jag tar med mig vissa bra grejer och andra grejer skulle jag vilja ha revansch på två minuter senare, säger hon.
27-åringen har som bäst varit 21:a i sprint tidigare i IBU-cupen.
Bästa svenska blev Elisabeth Högberg på femte plats, och 21-åriga Ella Halvarsson tog en fin tiondeplacering.