Det var den argentinske världsfyrans första match efter en knäfraktur i oktober.
– Det var en tuff första omgång eftersom Nishioka är en stabil spelare från baslinjen, säger del Potro till ATP.
Del Potro kände sig en aning trött i benen i slutet av matchen.
– Det är normalt att jag känner så. Jag behöver tid för att förbättra mig, för att känna mig säker med knäet och med min kropp, säger del Potro som haft stora problem med sina handleder som han opererat flera gånger.
Under uppehållet missade argentinaren årets första Grand Slam, Australian Open, för en månad sedan.