Tredjeseedade del Potro ledde med siffrorna 7–6, 6–2 när Nadal, som spelade med lindat knä, gav upp efter andra set.
– Självklart är det inte det bästa sättet att vinna en match. Jag älskar att spela mot Rafa eftersom han är den störste kämpen inom sporten och jag gillar inte att se honom lida, säger Del Potro.
– Det är tråkigt för honom men jag är också nöjd över att få göra mitt bästa.
Del Potro har vunnit US Open en gång, 2009.
– Jag har mina bästa minnen från den här banan från 2009 när jag slog Rafa och Roger (Federer). Jag var en grabb då, nu är jag mycket äldre.
I finalen väntar Djokovic
Argentinaren kommer att möta förre världsettan Novak Djokovic i finalen. 31-åringen är pånyttfödd efter fjolårets skad som tvingade honom till operation efter Australian Open i år. Han är tillbaks i samma form som när han lämnade banan.
– En del av mig har alltid trott på att jag skulle kunna ta mig tillbaks relativt enkelt till den nivån jag hade tidigare. Uppehållet på sex månader gjorde mig gott. Det gav mig ny motivation, inspiration att ladda om batteriuerna, sa Djokovic efter den komfortabla semifinalvinsten mot japanen Kei Nishikori ( 6–3, 6–4, 6–2).
I mötet med japanen visade Djokovic inget av den trötthet han visat i de första omgångarna av US Open. Serben var på väg ut ur turneringen redan i första omgången vid ställningen 1-1 i set och ett break ner mot 41-rankade Marton Fucsovics. Han vände det underläget och har sedan dess bara blivit bätttre och bättre.
I natt servade Djokovic felfritt, returnerade bra och dominerade från baslinjen. Juan Martin Del Potro har en hel del att fundera över inför söndagens final.