Japanskan lämnade beskedet strax innan hon skulle möta världsettan Ashleigh Barty.
– Det var inte så här jag önskade att avsluta den här turneringen eller min säsong. Jag ser fram emot att bli återställd och hoppas att vara tillbaka här i Shenzhen nästa år, säger Osaka.
Världens åtta bästa spelare är kvalificerade till WTA-slutspelet. Osaka vann sin första match mot Petra Kvitova.
Osaka var skadad även inför US Open. Trots det kom hon till start i tävlingen men åkte ut i den fjärde omgången.
Arkiv: Så här såg det ut när Osaka skadade sig – bara tio dagar före US Open