Den 36-årige spanjoren har dragits med en sträckning i magmuskulaturen och har bara spelat en match sedan han tvingades kasta in handduken i semifinalen i Wimbledon i juli mot Nick Kyrgios efter skadekänningar.
Nadal såg ringrostig ut i inledningen mot grand slam-debutaten Hijikata, rankad 198 i världen, och tappade första set.
Därefter fick dock Nadal, som jagar sin 23:e grand slam-titel, upp farten och vann till slut med 4–6, 6–2, 6–3, 6–3.
– Jag är väldigt glad över att vara tillbaka. Det är länge sedan jag spelade här. Jag trodde att jag kanske aldrig skulle komma tillbaka, säger Nadal som inte spelat i turneringen sedan 2019, då han blev mästare.
I nästa match möter Nadal Italiens Fabio Fognini.