22-åringen föll mot Adrian Mannarino med 6-0, 6-2.
Den 30-årige fransmannen hade inga större problem att vinna två raka set och avancerar till kvartsfinal i Los Cabos. Där ställs Mannarino mot britten Cameron Norrie, som tog sig vidare via 6-3, 6-3 över Feliciano Lopez.
Tidigare i veckan vann 22-årige Ymer sin första ATP-tourmatch för året när han slog ut kroaten Ivo Karlovic.