Mowinckel kom fel i ett hopp och landade alldeles för långt ned. Enligt NRK såg Mowinckel ut att vrida till knäet i landningen och hon blev liggande.
Norskan transporterades till ett närliggande sjukhus för en MR-undersökning, och enligt NRK är skadan allvarlig. Det främre korsbandet i höger knä är av.
– Hon ska nu tillbaka till Norge och undersökas ytterligare, men vi vet i alla fall att säsongen är över, säger landslagschefen Tim Gfeller till NRK.
26-åriga Mowinckel tog VM-brons i kombinationen i Åre-VM i februari och bärgade två OS-silver förra året.