Oppositionsgruppen Öppna Ryssland uppger att Mukhudinov tjänstgjort i den militära enheten Sever som stöttar den Kreml-trogne Ramzan Kadyrov, president i den ryska delrepubliken Tjetjenien. Kadyrov är en despot som på samma gång kallats president Vladimir Putins närmaste allierade och värsta problem.
Sedan tidigare sitter fem andra misstänkta häktade, bland dem Zaur Dadayev som också tjänstgjort i Sever.
Putin-kritikern Nemtsov, en 55-årig före detta vice premiärminister, sköts till döds med fyra skott. I augusti tog hans dotter Zhanna Nemtsova till rättsliga åtgärder för att Kadyrov ska förhöras om mordet.