Domstolens besked kommer dagen innan tidsfristen löper ut för att formellt presentera en ny regering. Efter det senaste valet i mars, det tredje på mindre än ett år, har Netanyahu och oppostionens Benny Gantz kommit överens om ett samarbete som skulle innebära att de båda delar på rollen som premiärminister.
Men innan den planen kunde gå i lås behövde högsta domstolen ta ställning till om ett korruptionsåtal mot Netanyahu omöjliggör honom som regeringschef.
Domstolens beslut innebär att Netanyahu kan fortsätta som premiärminister och därmed bli landets mest långvariga med totalt fem mandatperioder. Rättegången mot honom är planerad till den 24 maj.
Netanyahu står bland annat åtalad för att ha tagit emot mutor från näringslivsföreträdare och för att ha försökt påverka flera mediers rapportering om den israeliska regeringen.